Die Yogyakarta-Prinzipien wurden von einer internationalen Expertengruppe zusammengestellt. Sie gehören nicht zum verbindlichen Völkerrecht. Basel-Stadt hat den Geschlechtsbegriff für Transpersonen aus diesen Prinzipien übernommen und zur Norm erklärt; gesetzlich verankert und verbindlich für alle.
Über die Zielgruppenproblematik hinaus ist der Text nicht über alle Zweifel erhaben. Es handelt sich um die Quintessenz einer weltweit umstrittenen Gendertheorie: die Leugnung des biologischen Geschlechts. Inzwischen ist es international ein Thema, dass die Prinzipien auf Kosten von Frauenrechten umgesetzt werden. Einer der Mitverfasser, Prof. Robert Wintemute, distanzierte sich daher öffentlich von den Yogyakarta-Prinzipien. In Basel – ob in den Kommissionsberichten oder den Medien – wurde darüber kein Wort verloren.